En 1907 les gros travaux du domaine sont terminés. Saunière vient d’achever la construction de la villa Béthania et de la tour Magdala, a aménagé un bassin et des jardins. Tous les terrains sont au nom de sa servante et confidente, Marie Denarnaud. De 1907 à 1909 il vivra dans le luxe, recevant du beau monde dans sa villa. Mais cette période de bonheur n’allait pas durer.

L’évêque de Carcassonne, Mgr de Beauséjour, s’interrogea lorsqu’il reçut des courriers de France, mais aussi d’autres pays, lui demandant des renseignements sur le curé de Rennes. Des particuliers ou communautés voulaient ainsi savoir s’ils pouvaient confier à Saunière des intentions de messe.

L’évêché demanda alors à Saunière de ne plus envoyer de demandes de messes hors du diocèse. Mais malgré cela, il continua. Les autorités voulurent le sanctionner en le nommant à la cure de Coustouge. Il en fut informé le 22 janvier 1909. Mais Saunière ne l’entendit pas de cette oreille. Plutôt que de quitter Rennes-le-Château, il préféra donner sa démission le 1er février 1909 par courrier. Voici ses propos : "Si notre religion nous commande de considérer avant tout nos intérêts spirituels, elle ne nous ordonne pas pour autant de négliger nos intérêts matériels, qui sont ici bas. Et les miens sont à Rennes et non ailleurs. Je vous déclare, Monseigneur, avec toute la fermeté d’un fils respectueux : non, Monseigneur, je ne m’en irai jamais."

L’abbé Marty, déjà curé de Coustaussa, fut alors nommé à la cure de Rennes-le-Château, en remplacement de l’abbé Saunière. Mais les ennuis continuèrent pour Bérenger. Il fut convoqué le 16 juillet 1910 devant le tribunal de l’Officialité de Carcassonne, afin de justifier l’utilisation des honoraires de messes perçus et expliquer sa désobéissance envers son évêque. Saunière ne se présenta pas. Il fut alors convoqué une deuxième fois à la date du 23 juillet. Là non plus, ni Saunière, ni son avocat, l’abbé Molinier, ne se présentèrent. Il fut alors déclaré contumace¹ et frappé d’une suspense a divinis ² d’un mois. Suite à cela il décida de changer d’avocat et prit un avocat civil, Maître Louis Mis de Limoux.

Saunière reçut une nouvelle comparution pour le 23 août, qu’il fit reporter au 15 octobre. L’un de ses amis, l’abbé Eugène Grassaud de la paroisse de Saint-Paul de Fenouillet, le mit en relation avec l’abbé Huguet, curé d’Espiens, afin qu’il assura sa défense. Bérenger changea donc une troisième fois d’avocat. L’abbé Huguet, avocat canonique réputé, semblait en effet plus apte à assumer cette tâche.

Le 15 octobre, le chanoine Huguet allait donc représenter Saunière au procès, toutefois il ne parvint pas à le faire acquitter. Bérenger fut alors convoqué le 5 novembre pour prendre connaissance de sa sentence. L’évêché voulait connaître le détail des honoraires de messes perçus, mais Saunière ne présenta pas ses comptes. La sanction tomba : une retraite de dix jours dans le monastère de son choix et l’obligation de présenter sa comptabilité afin de justifier ses énormes dépenses. La condamnation par contumace fut alors annulée. Saunière tenta de faire appel, mais il ne le fit pas dans les temps réglementaires. L’abbé Huguet porta l’affaire en cours de Rome, mais cette démarche n’aboutira pas.

L’abbé Saunière souhaita par la suite réintégrer sa paroisse à Rennes-le-Château, mais le 18 février 1911 la sentence tomba, confirmant celle du 5 novembre 1910. L’Officialité voulait toujours des comptes et maintenait la sanction de la retraite de dix jours. Bérenger choisit d’effectuer celle-ci au monastère de Prouilhe, à proximité de Fanjeaux, du 25 avril au 4 mai 1911. Il fournit également quelques chiffres de sa comptabilité, mais ceux-ci ne satisferont pas l’évêché. Le 4 octobre 1911 de nouveaux chiffres lui furent demandés et le tribunal refusa que l’abbé Huguet continue d’assurer sa défense.

Dès lors Saunière ne se présentera plus aux convocations. Le 5 décembre 1911, par jugement, il sera déclaré coupable de dilapidation et aura comme sanction une suspense a divinis de 3 mois, sanction qui perdurera jusqu’à ce "qu’il ait opéré la restitution des biens par lui détournés".

Le procès se jouera alors entre Carcassonne et Rome. L’abbé Huguet continuera de plaider sa cause à Rome, mais ces déplacements à l’étranger revinrent cher à Saunière. C’est peut-être pour cette raison que Saunière essayera de vendre son domaine, sans succès. Il obtint finalement un prêt de 6000 francs en l’hypothéquant.

L’évêché apprit que Saunière continuait à quémander des messes et le 5 août 1915, ce dernier fut convoqué par son évêque. Cette entrevue n’aboutira à aucune solution. Mgr de Beauséjour n’hésita pas à faire paraître des annonces dans des journaux religieux. Ces dernières visaient à avertir les lecteurs de la sentence prononcée à l’encontre du curé de Rennes-le-Château et les mettait en garde contre d’éventuelles demandes de messes, messes qu’il ne pourrait plus à présent honorer.

Le 22 janvier 1917, Saunière, épuisé par ces années de procès éprouvant, est sur le point de rendre son âme à Dieu. L’abbé Rivière, curé d’Espéraza recevra ses dernières confessions et le relèvera de sa suspense a divinis juste avant sa mort, afin que Bérenger puisse bénéficier d'une sépulture religieuse.

¹ Situation d’un accusé qui a refusé de comparaître en justice.

² Sanction interdisant de dire la messe et d’administrer les Sacrements.

Pour en savoir plus sur le procès de l’abbé Saunière, lire "Les archives de Rennes-le-Château 2- Toute la correspondance du chanoine Huguet, avocat défenseur de l’abbé Saunière"- 100 lettres mises en ordre par Pierre Jarnac.